Il museo è nato allo scopo di valorizzare interessanti esempi di arte sacra conservati nella Basilica Romana Minore di Sant'Angelo Lodigiano dedicata a Sant' Antonio Abate e Santa Francesca Cabrini.
Il percorso museale, allestito all'interno della basilica, occupa spazi molto suggestivi quali i matronei che corrono lungo il perimetro della chiesa e la grande sala posta sopra all'ingresso principale della Basilica che è il punto nodale di tutta l'esposizione.
Il Museo della Basilica, oltre alla conservazione del patrimonio artistico, è uno strumento di comunicazione dei valori della fede e di come sia cambiato l'apparato liturgico dopo le riforme del Concilio Vaticano II.
La raccolta comprende manufatti realizzati tra il XVII e i primi decenni del XX secolo, interessanti per la varietà delle tecniche e dei materiali utilizzati.
Fra gli oggetti di particolare interesse vi è un secchiello settecentesco per l’acqua benedetta, realizzato in lamina d'argento sbalzata e incisa recante sulla base il monogramma GRA-CAR (Gratiarum Chartusia) della Certosa di Pavia. Significativo è un calice del XVIII secolo realizzato in argento fuso, cesellato e dorato, caratterizzato dalla varietà dei motivi decorativi: festoni e cherubini, angeli alternati ad edicole con figure di santi (nodo), Madonna con Gesù Bambino, Gesù Cristo, San Francesco D'Assisi e Santa Chiara (piede).
Tra i paramenti liturgici, degno di nota è un completo settecentesco composto da pianeta, stola, manipolo e velo in velluto cesellato su raso di seta con fondo oro e fascia centrale in argento bordata da un gallone.
Di pregio è una “Ferula” del 1933, un’insegna pastorale o cerimoniale in metallo argentato e dorato con pietre dure incastonate. L'asta reca sulla sommità un'immagine di San Michele Arcangelo.
Particolare rilevanza, nel percorso museale, hanno le opere provenienti dalle chiese cittadine distrutte o non più officiate: statue, quadri, suppellettili il cui utilizzo è stato escluso dalle recenti riforme liturgiche.

L'esposizione degli oggetti sacri è integrata da una serie di pannelli fotografici posti lungo il percorso che illustrano come gli arredi e i suppellettili venivano usati durante le funzioni liturgiche.
L'allestimento contribuisce a delineare la storia religiosa della comunità santangiolina e a sensibilizzare verso la storia locale e le arti, quali testimonianze della civiltà che ci ha caratterizzato nei secoli passati.